Las diputaciones fueron clausuradas hasta que se restablecieron el 7 de marzo de 1820. La Diputación de Valencia celebró su primera sesión el 14 de marzo en Capitanía General hasta que tomó posesión nuevamente de su Casa el 20 de abril del mismo año. Entre tanto, se había reunido en el Colegio del Corpus Christi. En el año 1823 por R.O. se dispuso el traslado inmediato de la Audiencia del Palacio de la Generalidad, pero cuando ya estaba preparado éste, con la entrada de las tropas absolutistas a la capital, la Audiencia no se trasladó y la Diputación de Valencia quedó disuelta.

Con el restablecimiento definitivo de las diputaciones provinciales, según R.D. de 21 de septiembre de 1835, y constituida la de Valencia en 11 de octubre de 1836, se decidió ubicarla, no en el Palacio de la Generalidad, que seguía ocupado por la Audiencia, sino en la antigua casa profesa de la Compañía de Jesús, ahí permanecería, no sin problemas hasta el año 1865. Fue en este año cuando pasará a ocupar junto a Gobierno Civil, Delegación de Hacienda y otras oficinas, el antiguo Palacio del Temple. Como una oficina más, el Archivo se instaló en este Palacio.

Pero la Diputación de Valencia no cesó en su aspiración de volver a tener su sede en el Palacio de la Generalidad, de manera que tuvo que hacer valer en varias ocasiones su derecho legítimo de ocupación y fue el 23 de mayo de 1923 la fecha en la que se firmó el Acta de entrega en la que la Audiencia desalojaba el Palacio y la Diputación de Valencia lo recuperaba definitivamente.

Sin embargo, la Diputación encontró en un estado tal de abandono y ruina este edificio de gran valor histórico y artístico, ejemplo de la arquitectura civil gótica con notables huellas renacentistas, que tuvo que atender a las obras necesarias para su restauración y ampliación. Dichas obras culminarían el año 1952, en el que la Diputación de Valencia se instala en el Palacio de la Generalidad.

El Archivo también es trasladado a partir de este año al Palacio de la Generalidad, aunque no ordenadamente, fondos de Diputación permanecieron en el Palacio del Temple (Censo, Primera Enseñanza, etc.). Otros se trasladarán a los sótanos del Colegio de Sordomudos (Carreteras, Quintas, etc.). El Archivo ocupó la planta tercera y cuarta del antiguo torreón del Palacio. Pero pronto aparecerían problemas estructurales debido al sobrepeso que supuso la instalación tanto de las oficinas como en la sala que albergaba los fondos documentales donde fue necesario reforzar las viejas vigas de madera.

En el año 1976, debido a que los fondos estaban dispersos y en inadecuadas condiciones, tanto para su conservación como para poder ofrecer servicios, la Diputación vio la necesidad de que dicha documentación se concentrase en un solo lugar y que éste no estuviese alejado del Palacio de la Generalidad. Son estas las causas principales por las que se decidió, como nueva sede del Archivo de la Corporación, unos locales en el Convento de la Trinidad.

Este convento, que fue fundado por la Reina Doña María de Castilla, esposa de Alfonso V de Aragón en 1446, está constituido por un conjunto de edificaciones que comprende una Iglesia y un claustro góticos además de numerosas dependencias. Así, en 1978 se procedió a arrendar a las monjas que habitan el Convento de Religiosas Franciscanas Clarisas unas dependencias que se acondicionaron como oficinas y depósitos documentales (éstos en una nave gótica, contigua al claustro), con entrada independiente por la calle Alboraya núm.5. En el año 1980 se inció el traslado y la organización de toda la documentación que había permanecido dispersa y desordenada. Había un cuadro de clasificación, realizado en base a un Reglamento Interior de 1906 que distribuía las competencias de la Diputación de Valencia en secciones administrativas. En el transcurso de los años se habían producido muchas variaciones, algunas competencias habían desaparecido, otras se habían desarrollado, habían surgido nuevas, etc, por lo que se procedió en estos años a realizar la clasificación de tipo orgánico-funcional, en la que se refleja la estructura orgánica de la institución y, además, las funciones, consiguiéndose de esta manera una continuidad en las series documentales, produciendo el cuadro de clasificación aún vigente y ampliado en la actualidad.

Aunque en 1985 se amplió el local, arrendando más espacio a la misma congregación religiosa, en 1992 la Corporación procedió a la rehabilitación del Pabellón de Privados del Sanatorio Psiquiátrico Padre Jofré, instalado en el antiguo Convento de Religiosos Franciscanos de Santa María de Jesús, con una superficie de algo más de 2700 metros cuadrados, con unos terrenos de 7000 metros cuadrados para ajardinamiento, situado en la calle Beato Nicolás Factor núm. 1 de la ciudad de Valencia. Este local cuenta con todos los medios que garantizan la pervivencia de dicho patrimonio (seguridad, control de la temperatura y la humedad, etc.). Este edificio en la actualidad continúa siendo la sede del Archivo General y Fotográfico de la Diputación de Valencia.