Con el establecimiento del Régimen Liberal la Administración sustituyó a la Iglesia en el control de las fundaciones benéficas creadas a lo largo del Antiguo Régimen en forma de hermandades, cofradías, obras pías, hospitales, etc. La intervención estatal en el ámbito benéfico quedó regulada por la Ley General de Beneficencia, de 20 de junio de 1849 (derogada de forma definitiva por la Ley 30/1994 de Fundaciones) que, en su artículo 5 creaba las Juntas Provinciales de Beneficencia, y en los pueblos las Juntas Municipales. Estas Juntas Provinciales tenían a su cargo el control e inspección tanto de la gestión de los establecimientos públicos, como de las actuaciones, bienes y recursos de las instituciones benéficas de fundación particular, con facultad para suspender a los patronos si cometían faltas graves; recibir las cuentas y presupuestos de todos los establecimientos y proponer al Gobierno la aprobación de todos los reglamentos de los establecimientos benéficos.

Las Juntas Provinciales de Beneficencia se configuraron como organismos colegiados de carácter institucional presididos por el jefe político y formados por el obispo, dos miembros del cabildo catedralicio, un diputado provincial, un consejero provincial, un médico, un patrono de institución benéfica y dos vocales nombrados por el Gobierno a propuesta del jefe político. Esta Ley fue desarrollada por el Reglamento de 14 de mayo de 1852, que encargaba a las Juntas Provinciales el gobierno de los establecimientos provinciales de beneficencia (art. 38).

El Decreto de 4 de noviembre de 1868 suprimió la Junta General de Beneficencia, declarando cesantes a todos sus empleados. Este Decreto se completaba con otro, de 17 de diciembre del mismo año, que suprimía las Juntas provinciales y municipales, encomendando sus funciones respectivamente a las Diputaciones y a los Ayuntamientos (art. 2).

Sin embargo, las Juntas Provinciales de Beneficencia reaparecerán pronto, aunque investidas de un carácter muy distinto. En efecto, el Decreto de 30 de septiembre de 1873, por su art. 3 vuelve a crear las Juntas Provinciales y Municipales de Beneficencia, pero restringiendo su actuación al ámbito de la beneficencia particular. La beneficencia pública continuará encomendada a las diputaciones provinciales. Esta distinción entre beneficencia pública y privada se mantendrá con carácter definitivo hasta la actualidad.

El Real Decreto de 14 de marzo de 1899 y su instrucción fijaron definitivamente el funcionamiento de las Juntas Provinciales de Beneficencia y las funciones del Estado sobre la beneficencia particular, es decir, sobre "todas las instituciones benéficas creadas y dotadas con bienes particulares y cuyo patronazgo y administración fueron reglamentados por los respectivos fundadores" (art. 4).  El mismo Real Decreto aprueba una Instrucción adjunta, que será la norma fundamental de funcionamiento de las Juntas Provinciales de Beneficencia durante casi cien años. El art. 14 les encomienda una larga lista de funciones. El conjunto legislativo formado por el Real Decreto y la Instrucción que lo complementaba se convirtieron en la norma básica para el ejercicio de las funciones de control que el Estado asumía respecto de las fundaciones privadas de Beneficencia, ejercidas a través de las Juntas Provinciales.