Al hacerse cargo las diputaciones de los establecimientos de Beneficencia, por la Ley de 1849, paulatinamente se fueron integrando en éste los archivos del Hospital en 1850, la Casa de Beneficencia en 1858 y la Casa de la Misericordia en 1868. Los tres centros tuvieron organización propia y la documentación de sus respectivos archivos constituyen fondos separados dentro del Archivo de la Diputación de Valencia.

Gobierno Civil se integró debido a que, hasta 1952 ambas instituciones compartieron edificio. El decreto de 17 de diciembre, por el que se suprimieron las Juntas de Beneficencia, permitió que se integrara también el Archivo de la Junta Provincial de Beneficencia, y los de instituciones que administraba como la de las Señoras Nobles, la administración de Quevedo, la Testamentaría de Almodóvar, etc., y el propio archivo familiar de la Duquesa de Almodóvar. 

En 1975, el Servicio Provincial de Inspección y Asesoramiento de las Corporaciones Locales realizó una censura de cuentas de los municipios de la provincia de Valencia de los años 1949 a 1970. Los censores utilizaron los locales de la Diputación para llevar a cabo su trabajo. Cuando lo finalizaron dejaron toda la documentación en la Diputación y el Archivo se hizo cargo de la misma. También constituye fondo independiente la documentación del Canal de la Albufera, que se creó como su propio nombre indica, para la construcción de un canal en la Albufera en 1854

Fondos documentales:

Fondos y colecciones fotográficas:

Están estructurados en dos grandes bloques: 

Fondo producido por la Diputación de Valencia (1861- )

Es el fondo generado por la Institución en el ejercicio de sus funciones. La mayoría de las fotografías que se conservan pertenecen a la serie expedientes generales de Protocolo. A través de estas  fotografías se puede hacer un seguimiento de los actos públicos y sociales, que bien eran ofrecidos por la Corporación y relacionados con los diferentes servicios de los que se componía, o se trata de actos a los que ésta acudía.    

Colecciones incorporadas por compra o donación.

Cronológicamente abarcan desde la segunda mitad del siglo XIX a nuestros días, tienen variados soportes y tamaños: negativos sobre vidrio, sobre plástico, fotografías estereoscópicas, positivos sobre papel de diversos tamaños y procedimientos. La temática también es muy variada: arquitectura en sus diversas vertientes (civil, defensiva, industrial, popular, religiosa); paisajes urbanos, naturales o marítimos de la Comunidad Valenciana (también de España y de países de Europa); reproducciones de obras de arte; retratos; obras públicas; temas populares (procesiones, celebraciones conmemorativas, fiestas).

Dirección y horarios

La actual sede del Archivo es un edificio rehabilitado, el Pabellón de Privados del antiguo Sanatorio Psiquiátrico Padre Jofré, un edificio del siglo XIX con una superficie de algo más de 2.700 metros cuadrados, en unos terrenos ajardinados de 7.000 metros cuadrados.