L'origen de la Casa de Misericòrdia es remunta a 1670, moment en el qual el Consell General va debatre per primera vegada la creació d'una institució d'estes característiques. Es van considerar dues opcions per a la seua ubicació, l'Hostal de la Sang, situat al costat del convent de Sant Francesc, i la Moreria, a esquenes de l'Església de Sant Miquel. Finalment el 7 d'octubre de 1670, el Consell va decidir que s'alçara en la Moreria, tant per ser la proposta defensada per l'arquebisbe, al que corresponia en bona mesura la subvenció de les obres i el manteniment de la institució amb les seues almoines, com perquè s’aconsellava la seua ubicació fora de la ciutat.

Es va procedir a la compra de cases, horts i solars sobre els terrenys dels quals es va edificar l'hospici. I per acord del Consell General d'11 de març de 1675 se li va donar el nom de Casa de la Nostra Senyora de la Misericòrdia i de Tots els Sants.

Al segle XVIII la Casa de Misericòrdia va ser ampliada per l'Arquebisbe Mayoral, un dels arquebisbes valencians que més va contribuir, junt amb Francisco Fabián i Fuero, a la millora i manteniment d'aquest centre assistencial.
Amb el pas dels anys les tasques de beneficència passen a considerar-se competència de les institucions públiques. De fet des de 1858 la Casa de Misericòrdia va passar a dependre del govern de la Diputació Provincial, que des d'aquest moment es va encarregar de recollir al seu pressupost una partida per a la sustentació de l'establiment.
A partir d’aleshores es van iniciar importants reformes, tant en l'ordre moral com material, gràcies als esforços de diversos dels seus directors. Destaca la labor del Marquès de Cruïlles que en prendre possessió de la direcció va estudiar amb deteniment l'estat i necessitats del centre d'acord amb l'arquitecte provincial, Joaquín María Belda. Tots dos van traçar un pla general d'obres encaminat a dotar les dependències de més llum, més amplitud i ventilació, millor seguretat i distribució d'espais, etc. En el primer terç del segle XX el recinte i Casa de Misericòrdia es descrivia així:

“Es troba situada en l'àmbit de la ciutat de València corresponent a la part posterior de l'Església de Sant Miquel, que dóna el seu nom a la plaça, quedant assenyalat l'edifici amb el número 4. Ocupa una superfície de 25.597,81 m2. La seua altura ateny els 16 m. Consta de planta baixa, dos pisos i extenses golfes, compta així mateix amb soterranis coberts amb voltes.
Fita, per davant, amb la plaça de Sant Miquel, el carrer de Sant Donís i l’hort de les Serves de María; pel nord, amb el convent d'estes, la façana i casa del carrer de la Corona; per ponent, amb el carrer i la casa de Guillem de Castro i pel Sud, amb les cases del carrer de Quart..” Font: Memoria de la Casa de Misericordia, 1941.

Una altra data important en la història de l'edifici va ser 1947. Aquell any es va acabar l'estudi i projecte de construcció d'un nou edifici per a la Casa de Misericòrdia amb una granja model annexa a la mateixa, en la partida de Sant Miquel de Soternes, en els terrenys que aquest establiment posseïa en aquest terme.

En 1948 es van traure a subhasta pública les obres, que van ser adjudicades al contractista Antonio Picó. Tot seguit es van iniciar els tràmits d'expropiació dels terrenys confrontants necessaris per a la seua instal·lació.

El nou edifici de la Misericòrdia es va construir, amb els fons aconseguits després de la subhasta del vell solar, prop de l'avinguda de Castella, hui avinguda del Cid. Les obres van ser supervisades per l'arquitecte provincial Lluís Albert Ballesteros. A principis de 1949 l'establiment va ser traslladat, amb caràcter provisional, mentre duraren les obres de la nova Casa, des de la seua antiga seu de la plaça de Sant Miquel, a l'antic Seminari Major, del carrer Trinitaris.

El 27 de maig de 1952 es va transformar en Escola de Formació Professional, a càrrec de la Congregació de Filles de la Sagrada Família, sent inaugurada el 10 d'octubre de 1952 per Carmen Polo de Franco. L'establiment va romandre funcionant fins a 1981, quan els nous criteris relatius a l'assistència social, van determinar que els xiquets no havien d'estar en centres assistencials, sinó que havien d'estar en pisos atesos per educadors.

Església de la Casa Hospici de Misericòrdia
El centre de l'antic edifici, al voltant del qual s'organitzaven totes les dependències, era la petita església-capella, nucli i eix principal de la Casa. Les seues dimensions amb el pas dels anys es van mostrar insuficients per a contindre la meitat dels 800 pobres que albergava el centre i molt menys les nombroses persones que acudien diàriament a l'església. Per això, en 1864, la Junta Directiva de la Casa va decidir renovar-la i ampliar-la. Però, després de diversos projectes, Juan Piñol, nou director de la Casa, va optar en 1870 per derrocar l'antiga capella i ampliar el seu espai a fi de poder construir un «temple espaiós i digne de la importància de l'establiment».

El 25 d'octubre de 1875 es va col·locar la primera pedra de la nova església amb la presència d'autoritats, sota la direcció de l'arquitecte Joaquín María Calvo. Un any més tard el nou director, el Marquès de Cruïlles, va reformar el projecte i va organitzar rifes per a aconseguir fons amb els quals sufragar-lo. Rifes que van ser suprimides per la Llei de 31 de desembre de 1881.

Al gener de 1883 el va substituir en la direcció Eduardo Berenguer, que va reactivar les obres i va aconseguir el seu acabament en sis mesos, quedant des d’aleshores oberta al culte. L'antiga Casa de Misericòrdia va ser derrocada en 1949 pel seu trasllat a una nova seu més d’acord amb els temps, salvant-se únicament l'església; que no obstant això es va veure sotmesa a una contínua deterioració pel seu abandó, la qual cosa va afectar especialment les vidrieres que van desaparéixer quasi íntegrament. Finalment va ser cedida als religiosos mercedaris, constituint-se en parròquia amb el nom de Mare de Déu del Puig, sent beneïda i inaugurada el 22 d'abril de 1956.