Amb el sorgiment de les diputacions provincials en el marc de la Constitució de 1812, comencen una sèrie de vicissituds que obliguen l'Arxiu a instal·lar-se de forma itinerant en diverses seus de la ciutat de València. Constituïda la Diputació de València l'any 1813, es va instal·lar en la Sala de les Corts del Palau de la Generalitat, compartint edifici amb l'Audiència fins al cessament de les seues activitats amb la supressió de les diputacions l'any 1814.

Les diputacions van ser clausurades fins que es van restablir el 7 de març de 1820. La Diputació de València va celebrar la seua primera sessió el 14 de març a Capitania General fins que va prendre possessió novament de sa casa el 20 d'abril del mateix any. Entretant, s'havia reunit en el Col·legi del Corpus Christi. L'any 1823 per ordre reial es va disposar el trasllat immediat de l'Audiència del Palau de la Generalitat, però quan ja era imminent, amb l'entrada de les tropes absolutistes a la capital, l'Audiència no es va traslladar i la Diputació de València va quedar dissolta.

Amb el restabliment definitiu de les diputacions provincials, segons R.D. de 21 de setembre de 1835, i constituïda la de València l'11 d'octubre de 1836, es va decidir ubicar-la, no al Palau de la Generalitat, que seguia ocupat per l'Audiència, sinó en l'antiga casa professa de la Companyia de Jesús, ací romandria, no sense problemes, fins a l'any 1865. Serà en aquell any quan passarà a ocupar junt amb Govern Civil, Delegació d'Hisenda i altres oficines, l'antic Palau del Temple. Com una oficina més, l'Arxiu es va instal·lar en aquest Palau.

Però la Diputació de València no va cessar en la seua aspiració de tornar a tindre la seua seu al Palau de la Generalitat, de manera que va haver de fer valdre en diverses ocasions el seu dret legítim d'ocupació i va ser el 23 de maig de 1923 la data en què es va firmar l'acta d'entrega en la que l'Audiència desallotjava el Palau i la Diputació de València el recuperava definitivament.

No obstant això, la Diputació va trobar en tan gran estat d'abandó i ruïna aquest edifici de gran valor històric i artístic, exemple de l'arquitectura civil gòtica amb notables empremtes renaixentistes, que va haver d'atendre les obres necessàries per a la seua restauració i ampliació. Les dites obres culminarien l'any 1952, en què la Diputació de València s'instal·la al Palau de la Generalitat.

L'Arxiu també és traslladat a partir d'aquell any al Palau de la Generalitat, encara que no ordenadament, els fons de Diputació van romandre en el Palau del Temple (Cens, Primera Ensenyança, etc.). Altres es traslladaran als soterranis del Col·legi de Sordmuts (Carreteres, Quintes, etc.). L'Arxiu va ocupar la planta tercera i quarta de l'antiga torrassa del Palau. Però prompte apareixerien problemes estructurals a causa de la sobrecàrrega que va suposar la instal·lació tant de les oficines com la sala que albergava els fons documentals, on va calgué reforçar les velles bigues de fusta.

L'any 1976, pel fet que els fons estaven dispersos i en condicions inadequades, tant per a la seua conservació com per a poder oferir servicis, la Diputació va veure la necessitat que la dita documentació es concentrara en un sol lloc i que aquest no estiguera allunyat del Palau de la Generalitat. Són aquestes les causes principals per les que es va decidir ocupar, com nova seu de l'Arxiu de la Corporació, uns locals en el Convent de la Trinitat.

Aquest convent, que va ser fundat per la reina Maria de Castella, esposa de Alfons V d'Aragó, en 1446, està constituït per un conjunt d'edificacions que comprén una església i un claustre gòtics a més de nombroses dependències. Així, en 1978 es va procedir a arrendar a les monges que habiten el Convent de Religioses Franciscanes Clarisses unes dependències que es van condicionar com a oficines i depòsits documentals (aquests en una nau gòtica, contigua al claustre), amb entrada independent pel número 5 del carrer Alboraya. L'any 1980 es va iniciar el trasllat i l'organització de tota la documentació que havia romàs dispersa i desordenada. Hi havia un quadre de classificació, realitzat basant-se en un reglament interior de 1906 que distribuïa les competències de la Diputació de València en seccions administratives. En el transcurs dels anys s'havien produït moltes variacions, algunes competències havien desaparegut, altres s'havien desenvolupat, n'havien sorgit de noves, etc, per la qual cosa es va procedir en aquests anys a fer la classificació de tipus organicofuncional, en la que es reflecteix l'estructura orgànica de la institució i, a més, les funcions, aconseguint-se d'aquesta manera una continuïtat en les sèries documentals, produint el quadre de classificació encara vigent i ampliat en l'actualitat.

Encara que en 1985 es va ampliar el local, arrendant més espai a la mateixa congregació religiosa, en 1992 la Corporació va procedir a la rehabilitació del Pavelló de Privats del Sanatori Psiquiàtric Pare Jofré, instal·lat en l'antic Convent de Religiosos Franciscans de Santa Maria de Jesús, amb una superfície d'un poc més de 2.700 metres quadrats, amb uns terrenys de 7.000 metres quadrats per a enjardinament, situat en el carrer Beat Nicolau Factor, número 1, de la ciutat de València. Aquest local compta amb tots els mitjans que garanteixen la pervivència del dit patrimoni (seguretat, control de la temperatura i la humitat, etc.). Aquest edifici en l'actualitat continua sent la seu de l'Arxiu General i Fotogràfic de la Diputació de València.