En fer-se càrrec les diputacions dels establiments de Beneficència, per la Llei de 1849, gradualment s'hi van anar integrant els arxius de l'Hospital en 1850, la Casa de Beneficència en 1858 i la Casa de la Misericòrdia en 1868. Els tres centres van tindre organització pròpia i la documentació dels seus respectius arxius constitueixen fons separats dins de l'Arxiu de la Diputació de València.

Govern Civil es va integrar pel fet que fins a 1952 ambdós institucions van compartir edifici. El decret de 17 de desembre, pel qual es van suprimir les Juntes de Beneficència, va permetre que s'integrara també l'Arxiu de la Junta Provincial de Beneficència, i els d'institucions que administrava com la de les Senyores Nobles, l'administració de Quevedo, la Testamentaria d'Almodóvar, etc. i el mateix arxiu familiar de la duquessa d'Almodóvar. 

En 1975 el Servici Provincial d'Inspecció i Assessorament de les corporacions locals va realitzar una censura de comptes dels municipis de la província de València dels anys 1949 a 1970. Els censors van utilitzar els locals de la Diputació per a dur a terme el seu treball. Quan el van acabar van deixar tota la documentació en la Diputació i l'Arxiu es va fer càrrec d'aquesta. També constitueix un fons independent la documentació del Canal de l'Albufera, que es va crear com el seu nom indica, per a la construcció d'un canal en l'Albufera en 1854.

Fons documentals:

Fons i col·leccions fotogràfics

Estan estructurats en dos grans blocs: 

Fons produït per la Diputació de València (1861- )

És el fons generat per la Institució en l'exercici de les seues funcions. La majoria de les fotografies que es conserven pertanyen a la sèrie d'expedients generals de Protocol. A través d'aquestes fotografies es pot fer un seguiment dels actes públics i socials, que eren oferits per la corporació i relacionats amb els diferents servicis de què es componia, o bé es tracta d'actes als quals aquesta acudia.    

Col·leccions incorporades per compra o donació

Cronològicament comprenen des de la segina mitat del segle XIX als nostres dies, tenen diversos suports i grandàries: negatius sobre vidre, sobre plàstic, fotografies estereoscòpiques, positius sobre paper de diverses grandàries i procediments. La temàtica també és molt variada: arquitectura en els seus diversos vessants (civil, defensiva, industrial, popular, religiosa); paisatges urbans, naturals o marítims de la Comunitat Valenciana (també d'Espanya i de països d'Europa); reproduccions d'obres d'art; retrats; obres públiques; temes populars (processons, celebracions commemoratives, festes).

Adreça i horaris

L'actual seu de l'Arxiu és un edifici rehabilitat, el pavelló de Privats de l'antic Sanatori Psiquiàtric Pare Jofré, un edifici del segle XIX amb una superfície d'un poc més de 2.700 metres quadrats, en uns terrenys enjardinats de 7.000 metres quadrats.